データサイエンスと生命科学

医学・生命科学分野のデータ解析手法の研究と、数理・データサイエンス的なアプローチを用いた老化・寿命のメカニズム解明のための研究をしています。このブログでは、主に、データサイエンスや生命科学に関する解説記事などを発信します。

Ubuntu16.04でJupyter NotebookでRを使えるようにする

やりかたはここ。

 install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()
 
一行目のパッケージのインストールでエラーがでる…

1: install.packages(c("repr", "IRdisplay", "evaluate", "crayon", で:
パッケージ ‘curl’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
2: install.packages(c("repr", "IRdisplay", "evaluate", "crayon", で:
パッケージ ‘openssl’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
3: install.packages(c("repr", "IRdisplay", "evaluate", "crayon", で:
パッケージ ‘git2r’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
4: install.packages(c("repr", "IRdisplay", "evaluate", "crayon", で:
パッケージ ‘httr’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
5: install.packages(c("repr", "IRdisplay", "evaluate", "crayon", で:
パッケージ ‘devtools’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました

 

1. curlを入れるには以下を実行すればよい

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

sudo apt-get install libxml2-dev

Can't install.packages("RCurl") in R. Missing libcurl-dev? · Issue #114 · sagemath/cloud · GitHub

 

2. openslを入れるには以下を実行すれば良い

sudo apt-get install libssl-dev

※ install.packages("openssl")のエラーメセージより

 

3.ここまでいくとgit2r, httr, devtoolsもinstall.packegesできる

 

その上で、2,3行目を実行するとうまくいく。