DockerとRでmethylclock packageをインストール

RでBioconductorのmethylclockを使いたい。

www.bioconductor.org

まず、Docker上で最新版のR環境を構築。

hub.docker.com

docker run -it --name "methylclock" r-base /bin/bash

R

でRを起動する。

しかし、ここでいきなりインストールしようとしても、足りないパッケージが多くてうまくいかない。そこでまず、以下をインストールする。

apt install libxml2-dev

apt install libcurl4-openssl-dev

apt install cmake

apt install libssl-dev

apt install libfontconfig1-dev

apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev

apt install libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev

そのあと、R上で以下コマンドでインストールできる。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("methylclock")