データサイエンスと生命科学

医学・生命科学分野のデータ解析手法の研究と、数理・データサイエンス的なアプローチを用いた老化・寿命のメカニズム解明のための研究をしています。このブログでは、主に、データサイエンスや生命科学に関する解説記事などを発信します。

ニュートン法を使って方程式を解く[R][データサイエンス]

ニュートン法とは、実数値関数の根を数値的に計算する代表的なアルゴリズムです。 実数値関数の根を求めるとは、例えば以下のような方程式の解を求めることです。 $$ x^{3} + x - 8 = 0 $$ 関数の根とは、f(x) = 0になるxの値のことです。たとえば、中学校の…

DockerとRでmethylclock packageをインストール

RでBioconductorのmethylclockを使いたい。 www.bioconductor.org まず、Docker上で最新版のR環境を構築。 hub.docker.com docker run -it --name "methylclock" r-base /bin/bash R でRを起動する。 しかし、ここでいきなりインストールしようとしても、足…

R3.6にscDDパッケージをインストール

R3.6に、BioconductorのscDDパッケージをインストールすると詰まったのでメモ。 こんなエラーがでる。 In file included from annoy.cpp:1:0:annoy.h:33:63: error: wrong number of template arguments (4, should be 5) typedef AnnoyIndex<Index_t, Data_t, Distance, Kiss64Random> _index; ^In fi</index_t,>…

LinuxでのTeamviewerの自動起動

Ubuntu18. start with systemにチェックを入れるだけ。 askubuntu.com

debファイルからのインストールはgdebiを使う。

www.st-hakky-blog.com qiita.com

arXiv備忘録

arxivに原稿を投稿する際、ハマった所をメモ。 ・article classを使う際には、先頭に%&articleを付加する。 ・ファイル名にアンダーバーを含むとエラー ・pngなども使えるがエラーになったりする。epsだけで統一するとなおった。

任意のサイズで画像切り出し

まずはpictcutterで画像をトリミング。 http://hp.vector.co.jp/authors/VA020302/html/dev_pc/index.html 縮尺だけ併せて、いったん保存。 次に、GIMPでそれを取り込んで任意の30mm by 60mmなどで縮小、拡大する。 epsも含む色々な形式で書き出し可能。

Texworksでbibtex

ここがわかりやすい。 http://hanzomemo.blogspot.com/2013/05/texworksbibtex.html

Atomでlatex環境構築メモ

Ubuntu16.04でやった。 このサイトが詳しい。 qiita.com コンパイル方法は, alt + Ctl + b. (altとctlは同時に押す).

Ubuntu16.04でRのrglパッケージを使えるようにする

Rのバージョンが3.4なら以下のコマンドをうつ。 sudo apt install r-cran-rgl sudo apt-get install libpng16-16 そのあとinstall.packages("rgl")

Ubuntu16.04でJupyter NotebookでRを使えるようにする

やりかたはここ。 https://qiita.com/piruty/items/498ee16de62879e5a949 install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest')) devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') IRkernel::installspec…

Ubuntu16.04にRパッケージTDAをインストール

RのバージョンはR 3.4.3。 いきなり、Rのコンソールから install.packages("TDA",dep=T) すると、「ゼロでない終了値が得られました」とでて引っかかったのでメモ。 エラーメッセージを見ると、gmp.hがないと言われてたので、 sudo apt-get install libgmp3-…

Office系備忘録

#パワポの箇条書きホーム→箇条書きを押す

R備忘録

##(作図関係)par(pty="s")をつけると正方形になる。 ##オブジェクト名の取得とその逆hoge = 2eval(parse(text="hoge"))[1] 2> deparse(substitute(hoge))[1] "hoge"

Latex備忘録

#UbuntuへのLatexのインストール方法 Ubutnu14.04 & Ubuntu16.04で実施 sudo apt-get install texlivesudo apt-get install texlive-lang-cjksudo apt-get install texlive-fonts-recommended texlive-fonts-extra #コマンドの使い方platex sample.tex #コン…

画像ファイル備忘録

#マルチページtiffファイルの分割 マルチページtiffファイルを、それぞれjpgに分割したい場合がある。 この手順をいかに示す。 まず、UbuntuにImagemagickをインストールするsudo apt-get install ImageMagickこの結果、convertコマンドが使えるようになる。…

Vim備忘録

#vim8のインストールUbuntu14.04およびUbuntu16.04にインストールした。コマンドは以下。git clone https://github.com/vim/vimcd vim./configure \sudo apt-get install ncurses-devmakesudo make intall #vim8の設定・ホームディテクトリにvimの追加の設定…

UbuntuでDropbox

Ubuntu16.04を使用。 #インストール 端末に「dropbox」と入力すると、doropboxをインストールするのに必要なコマンドが指示される。次に、指示されたコマンドを入力したらインストールできた。sudo apt install nautilus-dropboxdropbox start -i インストー…

Linuxコマンド備忘録

Ubuntu16.04を使ってます。 各種コマンドなどの備忘録(随時更新) #コンピュータアーキテクチャの確認uname -a #パッケージの依存関係がおかしい時(何かが足りなくてインストールに失敗するとき)sudo apt-get updatesudo apt-get -f install

Ubuntu16.04へのskypeのインストール

これで入った。 sudo apt-get install skypeforlinux だた、一度シャットダウンすると起動できなくなるという症状が出た。 毎回シャットダウンするときに必ず、サインアウトするようにしたら改善した。

はじめまして

興味のある分野について、自分の備忘録も兼ねて、書いていきたいと思います。 よろしくお願いします。